1852. január 22-én született Szegeden. Iskoláit Szegeden végezte. Apja kovácsműhelyében lett szakmunkás. Az Alföldi-Fiumei Vasút szegedi főműhelyében, később a MÁV budapesti fűtőházban, majd Bécsben, Zürichben, Párizsban és Londonban dolgozott. A munka mellett állandóan képezte magát. Később elnyerte a József Műegyetem tanműhelyének vezetői állását, amelyet nyugállományba vonulásáig töltött be. Kiemelkedő mérnöki teljesítményeiért a Mérnöki Kamara 1924-ben gépészmérnökké nyilvánította.
Találmányok hosszú sora jelezte tevékenységét. Tervezett és készített papír- és szövetszakítógépet, számos műszert és mérőberendezést, amelyeket határainkon túl is használtak. A motorszerkesztés mellett kedvelt szakterülete volt a gépjárműtervezés. A Magyar Posta számára készített motoros triciklit, majd gépkocsit, amely mint postaautó 1905. május 31-én indult sikeres próbaútjára. Innen számítjuk a magyar autógyártás kezdetét. De ő tervezte és készítette az első hazai kompresszoros motort, a tűzoltó-, csónak-, bányamozdony- és sínautómotort, a személygépkocsit, valamint autóbuszt. Csonka János alkalmazta először a motorgyártásban az alumíniumot, a vezérelt szívószelepet, a nagyfeszültségű mágnesgyújtást. Műszaki irodalmi tevékenységének eredménye: az első magyar automobil szakszótár.
Összesen mintegy 150 gépkocsit épített. A nagyobb sorozatgyártáshoz nem volt kellő anyagi lehetősége, bár számos vállalattal együttműködött az autógyártás megszervezése érdekében. Közvetlenül az első világháború kitörése után, 1914 augusztusában a magyar hadvezetőség elrendelte a gépjárművek sorozatgyártását, amelyre Budapesten, a Vérmezőn került sor. A Csonka-féle autók sorozatgyártására felkészült ugyan a Magyar Általános Gépgyár, ám a hadseregnek lényegesen több járműre lett volna szüksége, mint amennyit ténylegesen gyártani tudott volna. A járműmotorgyártás került előtérbe, és a gépgyárak teljes egészükben a hadsereg szállítóivá váltak. Mindez a Csonka-féle autók sorsát is megpecsételte.
Nyugdíjba vonulása után autójavító műhelyt nyitott Budapesten, a Fehérvári úton. Ebből fejlődött ki a Csonka-gépgyár, majd a későbbi Kismotor- és Gépgyár.